A Escola Luterana Emanuel, uma Instituição de caráter confessional, está ligada à Comunidade Evangélica Luterana Emanuel, filiada à Igreja Evangélica Luterana do Brasil.

Por esta razão, as atividades e programações devem ser estabelecidas e realizadas no sentido de ressaltar a identidade confessional da instituição. No fazer ciência, promove linhas de pesquisa ou premissas científicas que admitem a transcendência. Os valores morais e éticos cristãos devem nortear o uso dos métodos que direcionam a pesquisa científica.

Como instituição confessional cristã, a Escola Emanuel entende sua missão educacional como parte da ação de Deus, o que a motiva a promover o ser humano em todas as suas dimensões e potencialidades, reforçando que o conhecimento tem o poder de transformar vidas e realidades.

    No que tange ao aspecto pedagógico, segue o pensamento de Martinho Lutero, o qual deu muita ênfase ao aprendizado em todas as áreas do saber e a aplicação desse conhecimento no sentido da valorização do ser humano em sua dignidade e valor.

   Para Lutero, a educação está estreitamente ligada ao exercício da fé cristã na sociedade. Dizia ele: “Quando a escola progride, tudo progride.” Para ele a escola tem por objetivo educar para o desenvolvimento da fé, educar para o desenvolvimento de valores, educar para aquisição da cultura e do conhecimento, educar para o desenvolvimento de condutas humanas solidárias e fraternas, educar para a sensibilidade social, para o compromisso com os que mais sofrem, para a busca da superação das injustiças sociais presentes no mundo.